आजादी के 11 दिन बाद भोपाल के नवाब हमीदुल्लाह खान ने सरदार पटेल को भारतीय संघ में विलय के अपने निर्णय की सूचना दी। उन्होंने अपने पत्र में अपनी रियासत की स्वतंत्रता बनाए रखने के पूर्व के प्रयासों का उल्लेख किया और स्वीकार किया कि अब उन्होंने हार मान ली है। नवाब ने भविष्य में भारत संघ के प्रति वफादार और विश्वसनीय सहयोगी बनने का आश्वासन दिया। सरदार पटेल ने अपने उत्तर में इसे न्याय और उपयुक्तता की विजय बताया और नवाब के सहयोग के आश्वासन पर प्रसन्नता व्यक्त की, हालांकि उन्होंने उनकी प्रतिभा के पहले उपलब्ध न होने पर निराशा जताई।
वर्ष 1857 में भारत की आजादी की पहली चिंगारी भड़कने के साथ ही भोपाल रियासत की सैन्य छावनी सीहोर में भी अंग्रेजों के खिलाफ विद्रोह शुरू हो गया था। 6 अगस्त 1857 को रिसालदार वली शाह और कोठ हवलदार महावीर कोठ के नेतृत्व में सैनिकों ने बगावत कर ‘सिपाही बहादुर सरकार’ का गठन किया। क्रांतिकारियों ने सरकारी तंत्र पर कब्जा कर लिया। इसी दौरान रानी लक्ष्मीबाई ने नवाब सिकंदर बेगम से क्रांतिकारियों का समर्थन करने की अपील की, जिसे बेगम ने अस्वीकार कर दिया। 14 जनवरी 1858 को अंग्रेज जनरल ह्यू रोज की सेना ने सीहोर में 356 क्रांतिकारियों को शहीद कर दिया। वली शाह और महावीर कोठ को 2 फरवरी 1858 को फांसी दी गई।
भोपाल ने नवंबर 1813 से जुलाई 1814 तक नौ महीनों की कठिन घेराबंदी का सामना किया, जब ग्वालियर के दौलतराव सिंधिया और नागपुर के भोंसले की संयुक्त सेना ने उसे घेर लिया था। वजीर नवाब मोहम्मद खान के नेतृत्व में, शहरवासियों ने एकजुट होकर मुकाबला किया, जिसमें कुलीन परिवारों की महिलाएं भी शामिल थीं जिन्होंने बारूद से दुश्मन पर हमला किया। संसाधनों में मजबूत होने के बावजूद, हमलावर सेना भोपाल का हौसला नहीं तोड़ सकी और अंततः पीछे हटने पर मजबूर हुई। फतेहगढ़ किला, जो अब हमीदिया अस्पताल परिसर है, ने इस दौरान मुख्य सुरक्षा केंद्र के रूप में कार्य किया।
